Num futuro próximo, Los Angeles foi isolada e dividida com uma muralha por uma força ocupacional desconhecida. "Colony" é centrada numa família dilacerada por forças opostas que lutam por equilibrar decisões difíceis para ficarem juntos enquanto tentam sobreviver na nova ordem mundial. Enquanto algumas pessoas optam por colaborar com as autoridades beneficiando da ocupação, outros insurgem-se e sofrem as consequências. O ex-agente do FBI Will Bowman tem um papel mais complicado visto que foi forçado a colaborar com o governo do procurador a fim de proteger a sua família e recuperar o seu filho que foi separado durante a invasão inicial.